Pewnego dnia 1990 roku młody student dziennikarstwa na madryckim uniwersytecie Compultense spotyka w muzeum Prado dziwnego człowieka. Tajemniczy doktor Fovel proponuje, że zdradzi mu sekrety kryjące się w największych arcydziełach malarstwa. Według niego mistyczne wizje, proroctwa, spiski, herezje, a nawet przesłania z zaświatów stały się inspiracją dla takich mistrzów jak Rafael, Tycjan, Bosch, Juan de Juanes, Botticelli, Bruegel czy el Greco. Przesłania zapisane przez malarzy w swoich dziełach są równie zaskakujące co rewolucyjne.
Mistrz z Prado jest pasjonującą podróżą po nieznanych faktach i tajemnicach skrywanych w jednej z najważniejszych galerii sztuki a świecie, muzeum Prado. Mistrz Fovel otwiera przed młodym Javierem nieznany mu do tej pory mistyczny świat i z niezwykłą zręcznością interpretuje przedstawione sceny w zupełnie zaskakujący sposób.