Sofia - dziewczyna, która nosi w sobie geny potężnego smoka Thubana – i jej sprzymierzeńcy próbują zapobiec zniszczeniu świata przez sojuszników Nidhoggra.
Tymczasem w podziemiach willi profesora Schlafena coś złego dzieje się z Pączkiem Drzewa Świata, a to oznacza niebezpieczeństwo. By uratować świat i Smokończyków, trzeba znaleźć  starożytny artefakt - klepsydrę Aldibaha, zwaną Władczynią Czasów. Mimo że taka ingerencja w czas jest bardzo niebezpieczna, przyjaciele Sofii są gotowi podjąć to ryzyko.