Akcja filmu rozgrywa się w XVII wieku we francuskim mieście położonym w Burgundii. Miasto i jego okolice nawiedza klęska nieurodzaju, za którą ciągną się choroby, głód i śmierć. Pasmo nieszczęść przerywają narodziny cudownego dziecka. Ponieważ matka dziecka jest w podeszłym wieku, za rodzicielkę podaje się siostra chłopca. Jej dziewictwo ma być gwarantem "niepokalanego poczęcia", natomiast dziewczyna widzi w sprawowaniu opieki nad dzieckiem źródło materialnych korzyści. Wieść o cudownych narodzinach szybko roznosi się po okolicy, tłumy pielgrzymów przybywają, chcąc oddać cześć dzieciątku i otrzymać jego błogosławieństwo. Siostra "dziewica" zaczyna wykorzystywać brata do własnych celów. Nie podoba się to hierarchom Kościoła, którzy sami chcą skorzystać z sytuacji i wzbogacić się jego kosztem przejmują nad nim kontrolę, czerpiąc profity ze sprzedaży relikwii. Cudowne dziecko nie jest w stanie powstrzymać nadchodzącej fali nieszczęść. Do miasta powraca głód.
"Dzieciątko z Macon" to z pewnością jeden z najciekawszych filmów Petera Greenawaya zachwycający stroną wizualną, ale także wyrafinowany, jeśli chodzi o podjętą przez reżysera tematykę. Tym razem mamy do czynienia z przedstawieniem teatralnym, w którym oprócz aktorów biorą również udział widzowie. Od samego początku filmu teatr i "rzeczywistość" mieszają się ze sobą. Sytuacja ta stawia pod znakiem zapytania status widza filmowego, prowokując także pytanie o teatralny charakter samej rzeczywistości. W końcowej scenie filmu w stronę kamery kłaniają się nie tylko aktorzy, ale również widzowie, cały czas aktywnie uczestniczący w przedstawieniu.
W ciekawy sposób podejmuje Greenaway polemikę z nauką Kościoła, odwołując się tym razem do wielowiekowych sporów toczących się wokół dziewictwa Maryi. Tym samym film "Dzieciątko z Macon", pomimo swojej antyklerykalnej wymowy, odnosi się do istotnej w tradycji chrześcijańskiej kwestii wyznaczania granic pomiędzy sacrum a profanum.