W październiku 1994, w pobliżu wejścia do Zatoki Perskiej, amerykański lotniskowiec atomowy USNS George Washington i grupa towarzyszących mu okrętów zamarły nagle na wodzie, bez łączności, napędu i możliwości sterowania i katapultowania samolotów. Grupa nowoczesnych, potężnych jednostek bojowych, stanowiąca jeszcze przed chwilą ogromną i groźną siłę, teraz bezradnie dryfowała na falach, bezbronna i bezwładna, niema i nieruchoma, zagrożona zderzeniami.
"Czarny alert" to opowieść o tych wydarzeniach, jednych z najbardziej zdumiewających w całej historii amerykańskiej marynarki wojennej. To opowieść o tym, jak w przeciągu 24 godzin udało się przywrócić sprawność okrętom oraz wykryć i pojmać sprawców tego niecodziennego ataku.